程式交易开始于1980年代初，那时大机构开始采用指数套利策略，也就是利用股票及其衍生证券的价差获利。组合保险（portfolioinsurance）也在1980年代初流行起来。组合保险指的是使用股票指数期货和期权来保护股票组合对付市场下跌。组合保险程序使得大机构能在一个保险模型的特定参数达到某个预定值时卖出大量的股票。据估计，在1980年代中期，有大约价值九百亿的股票组合在组合保险的保护下。有人认为1987年的市场大幅波动内在的重要原因是组合保险和指数套利。不过，组合保险交易在1987年后就停止了，1988年交易所也颁布限制程式交易的规则80A。
现在，程式交易的形式有多种，一些程式仍然是指数套利。另外，一些对冲基金（hedgefund）用到程式交易。所谓的“市场中性”（marketneutral）对冲基金，就常常构造多头/空头组合，根据某个特定的变量，如市盈率P/E，在组合中包括了买进一篮子股票同时卖出另一组股票。他们持有这些组合的时间常常在一个月或一个季度。市场中性投资指的是能中性化特定市场风险的投资策略，它根据金融工具之间实际或理论的关系，持有相互抵消的多头寸和空头寸，目的是限制由于宏观经济变量或市场情绪变化导致的价格系统性波动的风险。与传统投资的利润来自证券的走势不同，它的利润来源是证券之间的关系。对于采取市场中性策略的交易者来说，他们卖空证券，而共同基金（mutualfund）一般只做多。市场中性化策略就是要利用现在和未来的无效定价。相关证券之间定价的无效性的来源是金融市场的结构性特征。利用市场的无效获得的投资绩效可以比市场平均的收益-风险关系要好。
下面将讨论的数量交易策略，这种策略也象指数套利那样有期货交易套利的成分。多数的程式交易牵涉到非套利的自营交易策略，公司采取这种策略目的是从各种股票的短期定价不符中获利，或者是满足机构客户的买卖要求。非套利型的程式交易，或称为组合重组，是对资产组合进行调整，卖出不要的资产，同时买进想要的资产。其中的一部分属于动态对冲策略，它保护自营的股票衍生产品的头寸。
套利者这样操作的原因是他相信4月份期货的价格将下跌到51.50元（即现货价格加上预期的持有成本）。在51.50这个价格，他将买进一份4月份期货合约来平仓他的期货头寸。他可获得的每张合约的利润为0.50元，即期货合约的卖出价52元减去平仓该合约的成本51.50元。
当市场方向不明确或易波动时机构投资者常常用到对冲技术。套利者持有的现货多头是用来对冲他的期货空头的，以防股票价格的变动。例如，假设套利者卖出期货并买进股票之后4月份期货价格和现货价格都立刻上升了3元。这时，4月份期货价格上升到每张合约55元，现货价格上涨到每股53元。在价格变化后，基差为55-53=2元仍然比预期的持有成本1.50元大0.50元。所以套利者预期4月份期货价格将下跌到每张合约54.50元。在54.50元这个价格，他将平仓掉在期货的空头寸，每张合约的损失为2.50元（52-54.50）。但他在现货头寸上每股盈利3元（53-50），因此他的净利润为0.50元（3-2.50），与前一种情况相等。通过在现货市场对冲，套利者能保护预期的利润不受未预期到的股票价格波动的影响。我们来看另一种可能，假设4月份期货的价格为51元，这时基差为1元，小于预期的持有成本1.50元。套利者将卖空股票，买进4月份期货。套利者预期4月份期货的价格将上升到每股51.50元，在这个价格，他将卖出期货合约，每张合约盈利0.50元（51.50-51）。同样的，他在现货的空头寸能保护预期利润不受股票价格波动的影响。
我们实际上交易的股指期货的标的股票指数包含了一篮子股票。在原理上，持有成本的计算是相同的。但是在实际操作中有两个重要的不同。首先，因为，股票指数表示一个相当分散的股票组合，而且指数套利对冲的是股票组合未被预期的变动，所以这些交易相应的贴现率为无风险的收益率，典型的无风险利率为短期货币市场工具的收益率。另一个不同是要计算持有成本，套利者就必须了解指数包含的所有公司的股利政策。这些计算必须迅速切准确地做出，因为机会稍纵即逝。
因为随着套利组合中的股票数量增加，监视和交易的成本也上升，所以交易者一般不会了解指数包含的所有股票，而是选择出一部分股票，它们的综合价值在过去与指数有密切的关系。因此由于部分股票的组合不能与指数完全匹配，所以交易者承担有额外的风险。交易者为了避免组合增大带来的了解持有成本的增加，还是愿意承担这种额外的风险。当然，使用计算机程序，在获得新的信息后，能降低更新持有成本数据的费用。因为指数套利通常用计算机辅助交易技术，所以纽约证交所把它作为一类程式交易。程式交易是一种能发现现货市场和期货市场的交易机会同时成本较低，效率较高的办法。
当然，程式交易远比这里讲的复杂。实际应用中，有许多变量使该过程复杂化。从事程式交易的公司在不同的价格水平执行买卖指令，这主要取决于两个因素，一是它们各自的货币成本，即用于买股票的借款的利率，二是它们识别市场中的无效的特定的算法。
不要混淆买卖程序的理论价格和我们这里的公平价值和程式交易升水额执行水平。理论得出的公平价值和买卖程式的价格不能用到实际中。这里的升水额水平考虑到清算成本，正常情况下买卖股票的出价和要价的差额的预期值与实际值之差，以及交易所的交易限制对计算机执行买卖股票的指令的影响，因此程式买进通常比理论值较高，程式卖出通常比理论值低。即使你发现有这么一个获利机会，因为买进所有需要的股票和缴存期货交易所需的保证金要用大量的资金，你也可能实现不了。下面进一步展开。
前面谈到的理论没有考虑两个重要因素：手续费（commission），预期的交易成本与实际支付的交易成本的差额（slippage），后者通常是证券的出价和要价之差变化导致的。它们对交易公司的成本有很大的影响，从而影响买卖的升水水平。这些变量构造了不同的交易程序和这些程序触发的不同水平，这些水平还是比较接近的。尽管指数套利的原理不难，但是决策用到的精确的交易模型和算法是各公司的秘密。
预测执行程序的升水额很难的，原因是各公司付给银行的利率不同，所以不是每个公司都用完全相同的水平。不过实际上个公司的资金成本的差别不大，几乎所有公司的买卖执行水平都很接近，但更重要的是当升水额开始移向执行水平时它通常很快地通过它，很明显，程序将被触发。例如，如果我们的程序设置的卖出位置在6.32，升水额触及它且继续下降到5.37才到底，那么很明显，所有的交易者的卖出程序都将执行。